A CTR-BAHIA possui uma unidade de tratamento de resíduo de saúde pelo processo de autoclavagem, com capacidade de 3.360 t/ano. Trata-se do processo de tratamento através da aplicação de vapor saturado sob pressão superior à atmosfera, com a finalidade de se obter a esterilização do resíduo. O serviço integra todas as etapas de manejo dos resíduos de saúde, seguindo a classificação constante na Resolução RDC n° 306, de 7 de dezembro de 2004, desde a coleta, transporte, tratamento e destinação final nas instalações da CTR BAHIA. Dentre os grupos atendidos temos: Grupo A – Subgrupos A1, A2, A3, A4 e A5 (resíduos biológicos); Grupo B (resíduos químicos); e Grupo E (resíduos perfurocortantes).